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Con objeto de buscar un marcador molecular para detectar cepas de Botrytis cinerea resistentes a dicarboximidas, se analizó la variabilidad genética intra-especie de dos poblaciones del fitopatógeno. Un grupo de cepas fueron aisladas de vid y el otro de tomate. Cada grupo incluía cepas que cubrían los diversos rangos de resistencia descritos para dicarboximidas: sensibles (EC₅₀<2 mg/L), levemente resistentes (EC₅₀ 2 a 10 mg/L), y alta resistencia (EC₅₀>10 mg/L). La caracterización microbiológica de estas cepas mostró que la resistencia a iprodione se correlaciona con resistencia a procimidone. La sensibilidad osmótica, un componente de la habilidad colonizadora del hongo, no correlacionó con el grado de resistencia de las cepas. La variabilidad genética se analizó mediante la metodología de RAPD. Se seleccionaron 10 partidores que generaron un total de 56 bandas polimórficas. Se encontró una alta variabilidad genética dentro de la especie con coeficientes de similaridad entre 0,55 y 0,98. No se encontraron bandas que se asociaran con la resistencia y en el análisis de agrupamiento, mediante UPGMA, las cepas resistentes no formaron un grupo diferente de las sensibles. Sin embargo, en tales análisis, la población proveniente de tomate mostró ser diferente de la de vid. Concluimos que, debido a la alta variabilidad genética de las poblaciones del hongo, la utilización de estas no sería la estrategia más adecuada para buscar marcadores asociados con la resistencia a dicarboximidas. Se propone y discute otra estrategia para los fines anteriores y se precisan algunos aspectos sobre el estudio de la estructura de las poblaciones Botrytis cinerea en Chile.