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Las razas ovinas presentes en Chile presentan un importante efecto fundador, al descender de un reducido número de progenitores. En algunos casos se sospecha que ha aumentado el grado de consanguinidad poblacional, mientras que en otros se observan procesos significativos de diferenciación respecto a sus poblaciones de origen. El objetivo del presente estudio fue estimar el estado actual de la diversidad genética de los planteles que gestionan las principales razas utilizadas en la ganadería ovina chilena. Para ello se utilizaron las razas Corriedale, Sufolk Down, Romney Marsh y Chilota, dado que son las predominantes en Chile como poblaciones puras. Se analizaron 40 animales de cada raza, pertenecientes a cuatro planteles de reproductores. Para la caracterización genética de los animales se utilizaron nueve marcadores moleculares de tipo microsatélite (SSR) recomendados por FAO-ISAG. Los resultados indican una baja complementariedad genética entre las razas ovinas predominantes en Chile, advirtiéndose además una potencial pérdida de diversidad genética en todas las razas así como un elevado riesgo de incremento en esta pérdida por efecto de la endogamia en las razas Chilota y Romney Marsh.