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La trazabilidad de productos de origen animal ha adquirido gran relevancia como un elemento de seguridad ante las crisis alimentarias ocurridas a partir de mediados de los noventa en países de la Comunidad Europea. Esto ha reforzado la gestión de calidad en productos pecuarios, surgiendo la trazabilidad como la principal herramienta para disminuir los riesgos de seguridad y calidad de los productos que demandan los consumidores de países desarrollados. La aplicación práctica de un sistema de trazabilidad de la carne bovina basado en marcadores moleculares, requiere la elección de microsatélites y optimizar los métodos de muestreo y análisis de ADN. En este trabajo se implementó un sistema de trazabilidad de carne bovina basado en un panel de 10 marcadores microsatélites. Se evaluaron diferentes muestras biológicas como pelo, sangre, tejido y carne de la canal, encontrándose que las muestras de pelo fueron las más idóneas por su facilidad de obtención, manipulación y costo de almacenamiento, mientras que la carne de la canal fue la contramuestra más adecuada, pudiendo obtenerse fácilmente en el frigorífico. El sistema se evaluó en una planta de procesamiento de carne, confirmando con un 100% de certeza la trazabilidad de 150 muestras de pelo con sus respectivas canales, demostrando la confiabilidad del método desarrollado. El sistema evaluado puede ser un importante aporte al sector pecuario del país pues permite garantizar el origen de los productos bovinos y puede ser utilizado como herramienta certificadora de la trazabilidad convencional, aumentando la competitividad y generando mayor confianza en el consumidor.