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El minador de hojas de tomate Tuta absoluta Meyrick ha invadido el cultivo del tomate (Solanum lycopersicum L.) en Túnez desde 2008 y actualmente representa una importante amenaza para su producción. En este estudio usamos la tecnología de ADN polimórfico amplificado al azar-reacción de cadena polimerasa (RAPD-PCR) para evaluar la variabilidad genética dentro y entre siete poblaciones de T. absoluta, colectadas desde tomate en diferentes regiones de Túnez. Usando cinco primers RAPD-PCR y 108 individuos, se registraron 140 fragmentos polimórficos. Se generaron 335 fenotipos RAPD diferentes, entre los cuales 71 fueron redundantes y 264 únicos para una población específica. La estructura genética de T. absoluta se investigó usando análisis de varianza molecular (AMOVA), distancias genéticas (Fst) y escalamiento multidimensional (MDS). Detectamos una alta diversidad genética dentro y entre poblaciones en conjunto con una diferenciación significativa entre poblaciones, sugiriendo que los genotipos fundadores podrían haber sido responsables de la introducción de T. absoluta en Túnez. La presencia de fenotipos superpuestos probablemente indica eventos de migración entre poblaciones, principalmente a través de material vegetal infestado transportado por humanos.