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Una adecuada identificación varietal es necesaria para registrar y controlar la distribución de semillas comerciales y para determinar el nivel de pureza de éstas. En este trabajo se evaluaron diversas técnicas que utilizan marcadores moleculares para discriminar las variedades de arroz utilizadas en Chile. El análisis electroforético de proteinas de la semilla mostró perfiles idénticos para 6 variedades estudiadas, tanto en medio desnaturante (SOS-PAGE) como en medio ácido (A-PAGE). Por el contrario, al analizar directamente el genoma, aplicando una técnica que utiliza la amplificación mediante la reacción en cadena de una polimerasa (PCR) de fragmentos polimórficos de AON, utilizando partidores de amplificación elegidos al azar (RAPO), fue posible identificar fácilmente las variedades analizadas. De 22 partidores ensayados, 10 generaron bandas de AON polimórficas. Las bandas generadas por 4 de éstos, fueron usadas para diselar un protocolo de identificación varietal. Adicionalmente, los polimorfismos detectados permitieron construir un dendograma para estimar las relaciones filogenéticas existentes entre las variedades estudiadas.